Свою историю лицей начинает с первого набора учащихся осенью 1994 года. За четверть века эколого-биологический лицей занял достойное место в системе образования города Архангельска.
В 2016 и 2018 годах стал лауреатом Всероссийского конкурса "100 лучших школ России" в номинации "Лучший лицей".  
С 2015 по 2018 год лицей имел статус базового учреждения системы образования муниципального образования "Город Архангельск" по направлению деятельности "Создание модели информационно-методического сопровождения педагогов по естественнонаучному направлению". С 2019 года эколого-биологический лицей - опорное учреждение системы образования города Архангельска по проекту "Зеленая школа".
Лицей принимает активное участие в озеленении города Архангельска.
С 2017 года в учреждении функционирует лесной класс. У лицея есть агробиостанция, где выращивают комнатные, декоративные, овощные культуры. На базе теплиц  ежегодно проводятся экскурсии для учащихся школ города, воспитанников детских садов, студентов ССУЗов и ВУЗов,  учителей школ города и области.
По результатам мониторинга состояния системы сопровождения профессионального самоопределения учащихся, проведенного министерством образования и науки Архангельской области в 2018 году, одной из лучших была признана практика профильного обучения в МБОУ ЭБЛ.
В лицее работает школьное лесничество. В марте 2019 года школьное лесничество МБОУ ЭБЛ  стало победителем  регионального конкурса "Международный день лесов – 21 марта". Весной 2019 года школьное лесничество лицея стало победителем  регионального этапа XVII Всероссийского детского экологического форума "Зелёная планета 2019".
Лицей стал участником сети ассоциированных школ ЮНЕСКО, а в апреле 2019 года учащиеся 11 класса лицея стали лауреатами Фестиваля школьной науки ассоциированных школ ЮНЕСКО Российской Федерации. В этом году лицей стал пилотной площадкой Архангельской области по раздельному сбору твердых коммунальных отходов.
Праздничное мероприятие, посвященное юбилею лицея, состоится 18 октября 2019 года в 15.00 во Дворце детского и юношеского творчества (наб. Северной Двины, 73).